Amazon.comで購入したKindle本を、.co.jpに統合するには、カスタマーサービスに連絡する必要が有るようです。

手順としては、My Kindle (要ログイン）のページから「居住国設定」を開くと、「既に海外のKindleストアでコンテンツを購入していて、Amazon.co.jp のアカウントとライブラリを統合する方法の詳細を見るには、「詳しくはこちら」をクリックしてください。詳しくはこちら」という記述があります。

「詳しくはこちら」をクリックすると、「新しい国・住所情報の登録」というページに「ライブラリの統合および住所の変更を希望される場合は、カスタマーサービスにご連絡ください。」とあるので、ここから依頼するとアカウント統合できそうです。

ただ、別に定形フォームがあるわけではなくて、サポートセンターへの問い合わせみたいな感じなので、自分で説明する必要がありますね。