追記：
すいません。Skypeの詳細設定に「サインイン中はSkypeをタスクバーに表示」ってそのものずばりな設定がありましたので、それが一番です。
Windows版Skypeで、旧来（XP時代）のSkypeは、
- タスクトレイ（右下のアイコン群）に常駐
- Skypeメインウィンドウ表示中の時のみ、タスクバー（下の現在実行中ウィンドウ一覧）に表示
- ウィンドウを閉じると、タスクトレイに常駐はするがタスクバーからは消える
こういった動作で一貫性があったのですが、どうもWindows7, Vistaあたりからタスクバーにアイコンのみ表示して、ひとつのアイコンの中でウィンドウを結合表示するっぽい仕様になりました。その結果タスクバーに実行中でウィンドウを持たないプログラムを表示しても、あまり場所をとって邪魔にならなくなり、タスクトレイを使わずに常駐タスクを表現するという方向に変わってきています。
私は、このウィンドウ一覧じゃないタスクバーの使い方が、気に入らないのでなるべく結合しないようにしているのですが、Skypeもこの動作になってしまってずっとタスクバーに残るようになります。
- タスクトレイに常駐してる
- タスクバーにも表示されている
- ウィンドウを閉じてもタスクバーに最小化される
閉じてウィンドウがないのに、タスクバーに残りっぱなしになるのでスッキリしません。
これを従来のXP時代のように、タスクトレイのみに常駐するようにする方法があります。
設定の変更
スカイプの実行ファイル （C:\Program Files (x86)\Skype\Phone\Skype.exe）をエクスプローラから表示し、右クリックープロパティを表示します。
互換性タブから、「互換モードでこのプログラムを実行する」を選択し、Windows XP(Service Pack3)を選びましょう。
これでOKです。今までのタスクバーの表示方法になります。
これで設定してもスカイプのアップデートでもとに戻るので、またなった場合は再設定してください。
